Kao što smo već naveli, još prije pokoravanja Bosne, Osmanlije su osnovale Bosansko krajište koje je imalo važnu ulogu u prodorima osmanske vojske na prostor srednjovjekovne bosanske države. Uz manje prekide od 1439. pa sve do 1463. godine, krajišnik Skopskog krajišta, kome je pripadalo i Bosansko, bio je Isa beg Ishaković. Od sultana je dobio na upravu granice Bosne, a osnivanjem Bosanskog sandžaka postao je i njegov sandžak beg. Obzirom da je u vrijeme osnivanja Bosanskog sandžaka bio na vojnom pohodu, prvi poznati bosanski sandžak beg bio je Mehmed Minetović. Isa beg je poznat i po osnivanju grada Sarajeva, koje će postati sjedište Bosanskog sandžaka.
Da bi spriječio pobunu stanovništva i lokalne vlastele sultan Mehmed II je 1465. godine ponovo obnovio bosansko kraljevstvo. U periodu od 1465. do 1476. godine Bosna je ponovo imala “Obnovljeno bosansko kraljevstvo” i u tom periodu vladala su dva kralja postavljena od strane Osmanlija. Kraljevstvo je imalo samo formalnu ulogu i ukinuto je zbog saradnje sa Ugarima. Obzirom da su Ugari, ubrzo nakon pada Bosne, zauzeli veći dio bosanske teritorije i na osvojenom prostoru formirali Jajačku i Srebreničku banovinu, Osmanlije su se u narednih pedesetak godina uglavnom usredotočile na osvajanje prostora Hercegovine i zapadnih krajeva Hrvatske.
Dolaskom Gazi Husrev bega na mjesto bosanskog sandžak bega 1521. godine prostor Bosne ponovo je postao cetralna karika osmanske vanjske politike. U narednih dvadeset godina, koliko je bio na mjestu bosanskog sandžak bega, Gazi Husrev beg je vodio neprestajne vojne akcije u cilju širenja granica Osmanskog carstva. Također, ostao je upamćen i kao veliki graditelj. Poznat je po osvajanju Knina, Ostrovice, Skradina, Like, Jajca, Banja Luke, a učestvovao je i sa sultanom Sulejmanom Kanunijem na Mohačkoj polju 1526. godine, kao i prilikom osvajanja Budima 1541. godine
Nakon niza manje poznatih bosanskih sandžak begova, 1574. godine za bosanskog sandžak bega imenovan je Ferhad beg Sokolović. Kao i Gazi Husrev beg poznat je po velikim vojnim pohodima, naročito u Hrvatskoj i Slavoniji, te po nizu građevina u Banja Luci, od kojih je najpoznatija džamija Ferhadija. Do 1577. godine osvaja gotovo sva mjesta uz Unu, izuzev Bihaća. Zbog svojih zasluga Bosna je 1580. godine dobila status ejaleta (najveće teritorijalne jedinice Osmanskog carstva), a Ferhad beg postaje prvi beglerbeg Bosanskog ejaleta, sa titulom paše. Poslije 8 godina imenovan je za Budimskog beglerbega, gdje biva ubijen 1590. godine.
I nakon smrti Ferhad paše Bosanski ejalet se nastavio širiti prvenstveno zahvaljujući ličnosti Hasan paše Predojevića, rodom iz Sanskog Mosta. Godinu dana nakon smrti Ferhad bega biva imenovan za bosanskog namjesnika i od tada počinje njegova, za Bosnu, važna uloga. Iste godine počinju njegovi vojni upadi na prostor Bihaća, prilikom čega zauzima niz mjesta, a 19. juna 1592. godine zauzma i sam grad Bihać. Tim činom kompletan prostor današnje Bosne i Hercegovine je ušao u sastav Osmanskog carstva. Ipak, naredne 1593. godine kod Siska je doživio težak poraz, prilikom čega je poginuo zajedno sa 7 000 osmanskih vojnika sa prostora Bosanskog ejaleta.
Bosna je Osmanskom carstvu dala i brojne velike vezire. U periodu XVI stoljeća naročito su se istakla dvojica, Rustem paša Opuković i Mehmed paša Sokolović. Nakon što je prošao niz pozicija, unutar i izvan dvora, 1544. godine postaje veliki vezir. Tokom čitavog svog vezirovanja imao je punu podršku supruge sultana Sulejmana Kanunija, Rokselane. Umro je u Istanbulu 1561. godine gdje je i ukopan. Sokolovići se ubrajaju u jednu od najznamenitijih porodica u historiji Bosne i Hercegovine. Iz ove porodice potakle su brojne važne ličnosti, a najpoznatija je svakako Mehmed paša Sokolović. U svojoj bogatoj državničkoj karijeri na dvoru, bio je rikabdar, čohadar, silahdar, češnigirbaša i kapidžibaša. Njegov uspon počinje 1546. godine kada ga sultan Sulejman postavlja za admirala osmanske mornarice, odmah nakon smrti najslavnijeg osmanskog admirala, Hajrudina Barbarose. Za velikog vezira biva postavljen 1565. godine i na tom položaju ostaje sve do 1579. godine, kada je ubijen u Istanbulu.
Porazom kod Siska i definitivno počinje dugotrajni proces opadanja moći Osmanskog carstva. Shodno tome, da bi napunili ispražnjenu državnu kasu, osmanski sultani su pokretali nove osvajačke ratove. U toku XVII stoljeća dva rata će posebno imati odjeka na prostor Bosne i Hercegovine. Riječ je o Kandijskom (1645 – 1669) i Bečkom ratu (1683 – 1699).
I pored toga što su Osmanlije u toku Kandijskog rata osvojile glavno zacrtano područje, otok Kretu, osmanski odredi su doživjeli niz poraza na prostoru Bosanskog ejaleta. Iako su imali početne uspjehe, prvenstveno zbog prelaska pravoslavnog i katoličkog stanovništva na stranu Mletačke republike, osmanski odredi sa prostora Bosanskog ejaleta su u toku dvadesetpetogodišnjeg ratovanja izgubili niz mjeta u Dalmaciji uključujući važno utvrđenje, tvrđavu Klis.
Novi rat, daleko brutalniji po prostor Bosne i Hercegovine, otpočeo je 1683. godine, kada osmanski veliki vezir Kara Mustafa paša sa 200 000 vojnika kreće put Beča. To je ujedno bio posljednji osmanski pokušaj da se probiju u srednju Evropu. Nakon propale opsade Beča, u septembru 1683. godine, Habsburška monarhija zajedno sa Poljkom i Mletačkom republikom 1684. godine osniva Svetu ligu, koja će voditi borbu protiv Osmanlija. Mlečani su, ponovo uz pomoć domaćeg pravoslavnog i katoličkog stanovništva, napali gotovo sva pogranična mjesta prema Bosanskom ejaletu. U toku
1687. godine zauzeli su i dva važna utvrđenja, Herceg Novi i Knin, a u toku 1694. godine Gabelu, Trebinje i Popovo polje. Ipak, Bošnjaci su Mlečanima nanijeli i nekoliko poraza, a naročito težak po Mlečane je bio kod Vitovlja. Istovremeno je i vojska Habsburške monarhije nanosila strašne poraze Osmanlijama na prostoru Ugarske. Na prostoru Bosanskog ejaleta su zauzeli Zvornik, kojeg su osmanski odredi uspjeli vratiti, Liku i Krbavu. Uskoro je pao i Bosanski Novi, Bosanska Dubica, Sokol, Velika Kladuša, Bosanska Krupa, Vranograč i Jasenovac. U toku 1697. godine osmanska vojska će doživjeti najteži poraz u toku ovog rata. Gotovo do nogu će biti potučena u boju kod Sente. Ipak, iste godine Bošnjaci će kod Bihaća odnijeti blistavu odbrambenu pobjedu nad habsburškim trupama. Poraz kod Sente imat će tragične posljedice i za prostor Bosanskog ejaleta. Habsburški vojskovođa Eugen Savojski se nakon bitke kod Sente uputi prema Bosanskom ejalet te ga opustoši. U tom pohodu naročito je stradalo Sarajevo koje je zapaljeno od strane habsburških odreda na čelu sa Eugenom Savojskim. U narednom periodu, Bošnjaci su odnijeli još nekoliko pobjeda nad Mlečanima. Ipak, posredstvom drugih država, 1699. godine dolazi do mira u Sremskim Karlovcima. Odredbama mirovnog ugovora Bosanski ejalet je ostao bez teritorije u Slavoniji, Lici i Dalmaciji. Ovim mirom prostor današnje Bosne i Hercegovine, u XVIII stoljeće, definitivno ulazi kao pogranični dio evropskog dijela Osmanskog carstva. izvor: bosnae