Još prije 27. jula 1878. godine, i formiranja Narodne vlade, Bošnjaci su počeli sa organizacijom u cilju pružanja otpora nadolazećoj Austrougarskoj carevini. U Sarajevu je 5. juna osnovan Narodni odbor, a u julskim danima otpočela je i oružana pobuna protiv osmanske vlasti. Uskoro su pobune izbile i u Mostaru, Livnu, Ključu, Tuzli, Bihaću, Stocu i brojim drugim gradovima. Odbor je glavne aktivnosti usmjerio na mobilizaciju ljudi, prikupljanje novca, oružija i hrane. U tim naporima naročito su se itakli: Salih Vilajetović, Rizvan Halilbašić, Alija Voljevica, Muhamed Hadžijamaković, Abdija Halačević i Mehmed Šemsekadić. Pored angažmana Bošnjaka, manji broj Srba i Hrvata je organizovao svoje dobrovoljačke jedinice i davao punu podršku Odboru.
Austrougarska vojska je za okupaciju Bosne i Hercegovine spremila 65 pješadijskih bataljona, sa ukupno 82 119 vojnika. 29. jula prvi kontigenti austrougarske vojske prešli su rijeku Savu. I pored izjava da će Bosnu pokoriti sa “jednom četom i muzičkim orkestrom”, Austrijanci su naišli na žestok otpor. Za komandanta okupacionih trupa postavljen je Josip baron Filipović. I pored toga što je smatrao da će austrougarske snage u prvih par dana zauzeti sve glavne centre uz minimalne gubitke, Filipović je za 22 dana nastupanja zauzeo samo nekoliko većih gradova i par važnih cesta. Austrougarska vojska trpila je teške gubitke u istočnoj i srednjoj Bosni, Bosanskoj krajini, Posavini i brojnim drugim mjestima. Posebno su bile teške borbe za Sarajevo, koje je na kraju zauzeto 19. avgusta, uz gubitak 57 austrougarskih vojnika. Uvidjevši da sa manjim brojem vojske teško može izaći na kraj sa narodnom vojskom, Filipović je naredio upućivanje dodatnih bataljona na bosanskohercegovačko ratište. Tako je pred kraj avgusta njegova vojska brojala ukupno 300 000 vojnika. Otpor branilaca u konačnici je skršen tek 20. oktobra padom Velike Kladuše. Za nepuna 3 mjeseca borbi, jedna od najsavremenijih armija tog vremena, imala je 5 200 poginulih vojnika i oficira u borbi protiv slabo naoružanih, ali jako motivisanih, bošnjačkih vojnika.
Okupacijom iz 1878. godine, BiH je i zvanično postala dio Austrougarske monarhije. Sultan je, sve do aneksije 1908. godine, samo formalno imao suverenitet. Naša država je tokom čitavog perioda Austrougarske uprave imala poseban položaj u sklopu monarhije. Pored 25. člana Berlinskog kongresa, tome je svjedočila i Novopazarska konvencija iz 21. aprila 1879. godine, potpisana između Austrougarske i Osmanskog carstva.
Parlamenti Austrija i Ugarske su 22. februara 1880. godine donijeli Zakon o upravljaju Bosnom i Hercegovinom. Ovim dokumentom vlade obje države Monarhije bile su ovlaštene za zajedničke poslove i upravu nad BiH.
U administrativnom i upravnom pogledu prostor BiH je umjesto vilajeta postao Reichsland a sandžaci postaju okruzi. Valija je postao zemaljski poglavar (Landesschef), dok su se upravnici sandžaka, odnosno okruga, nazivali okružni predstojnici. U Sarajevu je 7. jula 1879. godine, osnovan i Vrhovni zemaljski sud, a postojali su i šerijatski, porodični, nasljednopravni. Zemaljska vlada, koja je sa radom počela 1. januara 1879. godine, podijeljena je u tri odjeljenja: unutrašnja uprava, finansijska i pravosudna.
Još krajem osmanske vlasti dolazi do razvoja kapitalističkih odnosa. Taj proces nije mogao biti kvalitetno praćen, iz razloga što u BiH nije bilo industrijskih radnika. Postepeno se, prvenstveno zahvaljujući stranim radnicima, počinju razvijati manje manufakturne radionice i industrijska preduzeća. Na osnovu nepotpunih podataka u BiH su 1907. postojala 46 593 državna i privatna preduzeća, u kojima su bila zaposlena 101 644 radnika ili 5,7 % stanovništva. Najviše se razvijala drvna, rudarska i metalurgijska proizvodnja. Također, građena je saobraćajna mreža, naročito uskotračne pruge.
Austrougarska je za vrijeme svoje četrdesetogodišnje uprave nad BiH, sprovela četiri popisa stanovništva: 1879, 1885, 1895. i 1910. godine. Od prvog do posljednjeg popisa broj stanovnika je porastao sa 1 158 164 na 1 808 044 sa priraštajem od 2,06% godišnje. Gustina naseljenosti je bila 37,1 stanovnik na 1 km2. Većina stanovništva je živjela na selu. Od 66 gradskih općina većina je imala između 2 500 do 5000 stanovnika, dok ih je 11 imalo preko 5 000 stanovnika.
Na razmeđu XIX i XX stoljeća u BiH, je bilo pismeno svega 3% stanovništva. Donošenjem Zakona o osnovnim školama 1880. godine i uvođenjem interkonfesionalnih škola, procenat pismenosti se do 1910. godine popeo na 12%. Pored pomenutih otvarane su srednje i više škole. Do 1905. godine u BiH je bilo 366 osnovnih škola, a prema podacima iz 1911. godine i 45 srednjih škola. Na osnovu podataka iz 1914. godine postjale su i 4 vjerske škole. Naučni rad se razvijao u institucijama poput Zemaljskoj muzeja, osnovanog 1889. i Instituta za instraživanje Balkana, osnovanog 1904. godine.
Sa dolaskom Austrougarske okončan je period orijentalno – islamske kulture na prostoru BiH, a započinje period zapadnoevropske kulture. Kultura je i dalje osnovno usmjerenje imala u domaćem stanovništvu koje je njegovalo vjerske i nacionalne karakteristike, ali se ovaj put razvija i u smijeru austrougarske vlasti. Dolazi do osnivanja brojnih kulturno – prosvjetnih, sportskih i humanitarnih društava. Najznačajnija su: srpska “Prosvjeta”, muslimanski “Gajret” i hrvatski “Napredak”. Osnovni posao im je bio da pomažu siromašne učenike i razvijaju nacionalnu svijest. Pored pomenutih postojala su i njemačka, češka, poljska, mađarska, slovenačka, rusinska te jevrejska društva.
Preuzimanjem vlasti nad BiH, Austrougarska je nastojala da pod svoju kontrolu stavi i vjerske zajednice u BiH. Potpisivanjem konkordata sa Carigradskom patrijaršijom 1880. godine, austrijski car dobija mogućnost da imenuje episkope i mitropolite. Zauzvrat Carigradskom patrijarhu godišnje je isplaćivano 58 000 groša. Austrougarska je uspjela sklopiti konkordat i sa Svetom stolicom 1881. godine, i po njemu su franjevi izgubili raniji značaj i privilegije. Tako je vlada uspjela pod svoju kontrolu staviti i katoličku crkvu. Obzirom da su muslimani i nakon okupacije sultana, koji je imao i zvanje halife, smatrali svojim vjerskim autoritetom Austrougarska je činila sve da ih odvoji od Istanbula. Nakon dugotrajnih negodovanja i diplomatskih manevara na releaciji Beč – Istanbul, 22. marta 1882. godine, imenovan je prvi bosanski muftija Hilmi Omerović, a od oktobra 1882. godine nosi titulu reisul – uleme Islamske vjerske zajednice Bosne i Hercegovine. Imenovanje reisa vršio je isključivo car.
Donošenjem vojnog zakona 4. novembra 1881. godine, Austrougarska je nastojala da domaće stanovništvo uključiti u redove austrougarske vojske. Smatrajući da se time narušava sultanov suverenitet, stanovništva je diglo ustanak u Hercegovini, u januaru naredne godine. Pored navedenog, ustanak je imao i agrarni karakter. I pored velikih problema, ustanak je uspješno ugušen u aprilu iste godine.
Ustanak je dao do znanja Monarhiji da je neophodno čim prije riješiti pitanje BiH i okupaciju pretvoriti u aneksiju. S toga, da bi dodatno učvrstila vlast, Monarhija 4. juna 1882. godine, na mjesto upravnika BiH postavlja Benjamina Kalaja, umjesto dotadašnjeg Josipa Filipovića. Kalaj će sve do 1903. godine, kada je okončana njegova uprava, nastojati učvrstiti položaj BiH u Austrougarskoj monarhiji postavljanjem strogo odabranih i pouzdanih činovnika na važna mjesta, te ukidanjem zastarjelih zakona i uvođenjem modernijih. Ističući tvrdnju da su svi stanovnici BiH, bez obzira na naciju i vjeru, jedan narod propagirao je ideju “Bosanstva”. Time je želio onemogućiti veze Hrvata sa Hrvatskom i Srba sa Srbijom. Ipak, uz sva nastojanja nije uspio da promijeni državno – pravni i politički položaj Bosne.
Nakon konkordata sa Carigradskom patrijaršijom crkvene općine su uputile niz žalbi na koje vlasti nisu odgovarale. To je podstaklo 14 crkveno – školskih općina da podnesu zajednički memorandum u kojima su iznijete sve nepravilnosti učinjene srpskoj vjersko – prosvjetnoj autonomiji, te su njime zahtjevali vraćanje svojih prava. Na ovaj memorandum, kao ni na naredni, vlasti nisu dale odgovor. Uz pomoć Benjamina Kalaja pitanje crkveno – školske autonomije je riješeno potpisivanjem Statuta od strane cara Josipa 18. avgusta 1905. godine. I Bošnjaci su bili nezadovoljni svojim statusom. Nakon što su vlasti sarajevska groblja Šehitluke i Čekrečinicu ustupile za usluge javnih parkova, 1885. godine došlo je do velikog nezadovoljstva. Bošnjaci su od tog trenutka započeli svoju borbu za vjersku i vakufsko – mearifsku autonomiju. Nakon niza odbijenih zahtjeva i mukotrpne borbe, status je riješen 1. maja 1909. godine, donošenjem “Statuta za autonomnu upravu Islamskih vjerskih i vakufsko – mearifskih poslova u BiH”.
Nakon uspješno završene borbe za vjersko – prosvjetni status, došlo je do formiranja i niza političkih stranaka u BiH. Smrću Kalaja 1903. godine došlo je i do izvjesnog ublažavanja cenzure apsolutističkog i birokratskog aparata. Prva stranka osnovana u BiH je bila Muslimanska narodna organizacija (MNO), osnovana 3. decembra 1906. godine. Pored ove, Bošnjaci su bili organizovani i u Muslimanskoj naprednoj stranci (MNS), osnovanoj u avgustu 1908. godine. Srbi su bili organizovani u sklopu Srpske narodne organizacije (SNO), osnovane u oktobru 1907. godine. Hrvatski politički pokret, činile su Hrvatska narodna zajednica (HNZ), osnovana 21. februara 1908. godine i Hrvatska katolička udruga (HKU), osnovana 18. januara 1910. godine. izvor: bosnae